IC50, EC50 hesaplayan web sitesi

Bir süredir bitkilerin kan glukoz homeostazında önemli olan bazı enzimler üzerine etkileriyle ilgili çalışıyoruz. Deney modellerini, literatürleri karıştırarak deneye yanıla oturttuk. ELİSA ölçümlerinde de sorun yaşamadık (benim gibi bilginin paylaştıkça arttığını düşünen tüm araştırmacılara teşekkürler). Sonuçları değerlendirme aşamasına gelince yayınların çoğunda %inhibisyon yerine IC50 değerlerinin bulunması sebebiyle bu işi öğrenmek gerekliliği çıktı ortaya. Deneylerden önce farmakolojiden Mustafa Ark hoca işin mantığını anlatmıştı saolsun, bugün de farmasötik kimya'da Burcu ve Serkan hem Sigmaplot hem de Graphpadprism'i anlattılar. Odama dönünce baya uğraştım bu işle ama bulduğum sonuçlar nedense hep mantıksız geldi...

Eve gelince uzun zaman önce (bu işe ilk başladığımızda) göz attığım bir web sitesini hatırladım, http://www.changbioscience.com/stat/ec50.html . Site google chromda çalışmıyormuş meğerse. Bu akşam internet explorer'da denedim, süper çalışıyor ve farkettim ki okulda bulduğum IC50 değerlerinin ters logaritmalarını almayı unutuyormuşum, bir de ng/ml'yi mikrogram/ml'ye çevirmeyi :) 

Siteyi buraya da not etmek istedim, kullanımı çok kolay, enzim çalışmamıza uygun yöntem; four parameter(logEC50) veya sigmoidal(logEC50) (ama diğer yöntemleri de deneyip değerleri incelek mümkün). "Paste (Ctrl-v or Apple-v) your data here (x y std(optional))" yazan yere x'leri ve y'leri yazıyoruz. Ondalık sayılarda nokta kullanmak gerekiyor. Her satıra bir x bir y değeri yazıyoruz. Değerleri yazdıktan sonra mark outliner'a tıklıyoruz ki çalıştığımız dozların tamamının logaritması hesaplansın. Sonra plota tıklıyoruz hemen grafikte noktalar işaretleniyor. Build model dediğimizde tüm değerler hesaplanıyor ve soldaki kutucukta tüm değerler yer alıyor. Printe tıklayarak çıktı almak da mümkün sanırım (daha denemedim).

(aklıma gelmişken aynı data üzerinde tekrar tekrar işlem yaparken konsantrasyonların tekrar tekrar logaritmalarını alabilir sistem! datalarınızı kontrol etmeyi unutmayın:))

bir kaç tane de bağlantı var neymiş bu bi okuyayım diyenlere:

http://www.graphpad.com/faq/viewfaq.cfm?faq=1465

http://www.excelcurvefitting.com/pdfs/Curve%20Fitting%20Best%20Practice%20Part%203.pdf

http://www.miraibio.com/blog/2010/08/the-4-parameter-logistic-4pl-nonlinear-regression-model/