IC50, EC50 hesaplayan web sitesi

Bir süredir bitkilerin kan glukoz homeostazında önemli olan bazı enzimler üzerine etkileriyle ilgili çalışıyoruz. Deney modellerini, literatürleri karıştırarak deneye yanıla oturttuk. ELİSA ölçümlerinde de sorun yaşamadık (benim gibi bilginin paylaştıkça arttığını düşünen tüm araştırmacılara teşekkürler). Sonuçları değerlendirme aşamasına gelince yayınların çoğunda %inhibisyon yerine IC50 değerlerinin bulunması sebebiyle bu işi öğrenmek gerekliliği çıktı ortaya. Deneylerden önce farmakolojiden Mustafa Ark hoca işin mantığını anlatmıştı saolsun, bugün de farmasötik kimya'da Burcu ve Serkan hem Sigmaplot hem de Graphpadprism'i anlattılar. Odama dönünce baya uğraştım bu işle ama bulduğum sonuçlar nedense hep mantıksız geldi...

Eve gelince uzun zaman önce (bu işe ilk başladığımızda) göz attığım bir web sitesini hatırladım, http://www.changbioscience.com/stat/ec50.html . Site google chromda çalışmıyormuş meğerse. Bu akşam internet explorer'da denedim, süper çalışıyor ve farkettim ki okulda bulduğum IC50 değerlerinin ters logaritmalarını almayı unutuyormuşum, bir de ng/ml'yi mikrogram/ml'ye çevirmeyi :) 

Siteyi buraya da not etmek istedim, kullanımı çok kolay, enzim çalışmamıza uygun yöntem; four parameter(logEC50) veya sigmoidal(logEC50) (ama diğer yöntemleri de deneyip değerleri incelek mümkün). "Paste (Ctrl-v or Apple-v) your data here (x y std(optional))" yazan yere x'leri ve y'leri yazıyoruz. Ondalık sayılarda nokta kullanmak gerekiyor. Her satıra bir x bir y değeri yazıyoruz. Değerleri yazdıktan sonra mark outliner'a tıklıyoruz ki çalıştığımız dozların tamamının logaritması hesaplansın. Sonra plota tıklıyoruz hemen grafikte noktalar işaretleniyor. Build model dediğimizde tüm değerler hesaplanıyor ve soldaki kutucukta tüm değerler yer alıyor. Printe tıklayarak çıktı almak da mümkün sanırım (daha denemedim).

(aklıma gelmişken aynı data üzerinde tekrar tekrar işlem yaparken konsantrasyonların tekrar tekrar logaritmalarını alabilir sistem! datalarınızı kontrol etmeyi unutmayın:))

bir kaç tane de bağlantı var neymiş bu bi okuyayım diyenlere:

http://www.graphpad.com/faq/viewfaq.cfm?faq=1465

http://www.excelcurvefitting.com/pdfs/Curve%20Fitting%20Best%20Practice%20Part%203.pdf

http://www.miraibio.com/blog/2010/08/the-4-parameter-logistic-4pl-nonlinear-regression-model/

Farmakognozi nedir? Farmakognost ne bilir?

Farmakognozi terimini derslerde tanımlarken hep biyolojik asıllı (bitki, hayvan, mantar, mikroorganizma hepsi) ilaç ve ilaç ham maddelerini inceleyen (eczacılık) bilim dalı olarak tanımlarız.

Bizler (eczacılık fakültesindeki) öğrencilerimize önce bu kaynakları anlatır, onları nasıl tanımlayacaklarını, tanıyacaklarını, bunların hangi durumlarda ne işe yarayacaklarını öğretmeye çalışırız. Sonra hangi madde/madde gruplarının bu etkileri ortaya çıkardığını, bu maddelerin hangi ilaçlarla, besinlerle alınmaması gerektiğini, hangi dozda etkili olduklarını, hangi dozlarda zehirlenmelere sebep olabileceklerini bilsinler isteriz.

Aslında onlar bu Latince terimlerle, kimyasal formüllerle boğuşurken bizim de tüm gün bunlarla uğraştığımızı sandıklarına eminim. Oysa çok farklı konularda çalışmalar yapan geniş bir spektrumu var farmakognozi çalışmalarının.

Mesela ben botaniği çok severim, isterdim ki daha çok arazi çalışması, halk ilacı çalışması, herbaryumlar, bitkilerin mikroskobik ve morfolojik incelenmeleri ile uğraşsam... Hatta bölüme girerken yapılan yüksek lisans mülakatında bana hangi hoca ile ne çalışmak istersin sorusunu sorduklarında (juride Prof. Dr. Ekrem Sezik, Prof. Dr. Bilge Şener ve Prof. Dr. Şenay Küsmenoğlu vardı) ben Prof. Dr. Erdem Yeşilada ile Halk İlacı (Etnobotanik) çalışmak isterim demiştim. Neden olduğunu o zaman anlayamamıştım ama hepsi birden gülmüştü. Sonraları arazi çalışmalarının çok masraflı, uzun süreçli çalışmalar olması sebebiyle bu tepkiyi verdiklerini düşündüm...

Farmakognozide farklı akımlar var ama Bilge (Şener) Hoca, Ekrem (Sezik) Hoca ve Erdem (Yeşilada) Hoca'nın bizim bölümümüzde oturttuğu bir çalışma disiplini var. Genellikle halkın kullandığı bitkileri halkın kullanış amacına göre inceliyoruz. Yani halk o bitkileri nasıl kullanıyorsa biz de öyle hazırlayıp hayvanlarda (in-vivo) ya da hayvansız ortamlarda (in-vitro) bu etkilerin varlığını inceliyoruz. Sonra etkili bitkilerde bu çalışmalarımız farklı tekniklerle etkili grupların belirlenmesi, etkilerinin her aşamada tekrar incelenmesi ile etkili maddelerin ekstreden ayrılması şeklinde sürüyor. Sonra diyoruz ki Gentiana olivieri bitkisi halk arasında afat otu olarak bilinmekte ve şeker hastalığına karşı kullanılmakta, çünkü içindeki izoorientin antidiyabetik etkili...

İşte bu sebeple biraz botanik, biraz arazi deneyimi, biraz hayvan deneyi (farmakoloji ve toksikoloji) bilgisi, biraz kimya (enstrumantal analiz, izolasyon) biliyoruz (daha çoğunu da bilenler var tabii :)). Bu konulara ilgi duyanlarınız varsa, çalışmalarınızı merak ediyoruz diyenleriniz varsa sizleri bölümümüze (gezmeye, incelemeye, çalışmalarımıza izleyici-yardımcı olarak katılmaya) bekleriz...

Şimdi yazdığım cümleler çok randomize, bir anda aklıma gelenler. Bu cümleleri bana yazdıran ise dün NTV'de Gece Bülteni'ne konuk olan okulumuzdan emekli olsa da gönüllerimizdeki yerini asla kaybetmeyecek sevgili hocam Prof. Dr. Erdem Yeşilada. Konuşması kısa ama genel olarak işimizin, mesleğimizin önemini açıklıyor...

Nergisler

Çiçek dediğimizde aklımıza nedense ilk sırada bahar ayları gelir, oysa nergisler ülkemizde aralık-ocak aylarında açarlar :) 

Çağlar'ın Zonguldak'tan getirdiği nergislerin kokusu salonu hemen sardı, benim de aklıma iki yıl önce arkadaşımız Meltem Burcu Arık'ın blogunda yayınladığı nergisler hakkındaki yazısı geldi: "Antakya’da nergise ‘kuskus çiçeği’ de deriz. Çiçekleri ters çevirip salladığımızda avucumuzun turuncu çiçek tozlarıyla kaplanmasından gelir bu ad. Bu aylarda ne zaman Habib-i Neccar dağına çıksak nergis bulurduk. Çiçek tozlarını avuçlarımıza döker ya da burnumuza sürer, eğlenirdik. Dönüşte elimizde sallana sallana perişan olmazlarsa annelerimize verirdik." diyor Burcu. Yazının tamamı için: http://dogaguncem.wordpress.com/2010/01/09/mis-kokulu-kuskuslar/

Nergisler Latince Narcissus olarak isimlendiriliyor. Amaryllidaceae familyası altında sınıflandırılan cins 20-80 cm boya ulaşabilen, beyaz-sarı petallere sahip soğanlı bitkiler. Avrupa'da, Akdeniz'de, Kuzey Afrika ve Asya'da doğal yayılış gösteriyor, Avrupa, Kuzey Afrika ve Kuzey Amerika'da bitkinin kültürü de yapılıyor. 

Bitkinin Latince ismi Yunan Mitolojisi kaynaklı, Narkissos'tan geliyor. Antik Mitolojide Kim Kimdir (Gerhard Fink) kitabına göz atıyorum şu an. Diyor ki: Narkissos, yakışıklı ancak soğuk bir delikanlı. Aşkın ne olduğunu bilmek istemez ve Nymphe Ekho'nun aşkını da geri çevirir. Reddedilen sevgilisinin lanetine uğrayınca bir pınarda gördüğü kendi aksine yansımasına aşık olur ve tutkusunun çıkış yolu olmadığını anlayınca ölür. Bedeni nergis çiçeğine döner (Ovidius, Metamorphoses III 341-510). 

François Lemoine'ın hoş bir tablosunda (Narziss, 1728, Hamburg, Kunsthalle) Narkissos kendi görüntüsüne bakarken betimlenir. Pınar başında ölmekte olan delikanlıyı Nicolas Poussin 1625 dolaylarında tekrar tekrar resmetmiştir (Narziss ile Echo, Paris; Louvre; Narziss, Dresden, Galerie der alten Meister). Ayrıca narsist (özsever, kendine tapan kendine aşık) kelimesi de bu mitten temel almış. 

Nicolas Poussin, Narziss und Echo

François Lemoine, Narziss

Narcissus kelimesinin bir diğer kaynağının da Latince "ναρκάω=narkao" (narkotik) kelimesi olduğu düşünülmekte, kelime uyuşmak, uyuşturucu anlamına geliyor. Ancak bu kelimeyi verilmesinin sebebi etkili maddeleri midir, baştan çıkarıcı kokusu mudur yoksa çiçeklerinin albenisinden midir orasını bilemiyorum :)

Bitki yapraklarında ve soğanlarında bulunan likorin alkaloitleri sebebiyle toksik. Ayrıca bitkide bulunan kalsiyum okzalat kristalleri deride kuruma, eritem gibi sorunlara sebep olabilmekte.

Japon geleneksel tedavi sistemi olan Kampo'da nergis soğanları unla karıştırılarak yara iyi edici olarak kullanıldığı bilinmekte. Aulus Cornelius Celsus ise nergisi cilt yumuşatıcı, aşındırıcı olarak tanımlamış.


Nergislerin (Narcissus pseudonarcissus) Galler'de (Powys) Alzheimer tedavisinde kullanılan galantamin üretimi için üretildiği hakkında bir bilgiye rastladım. İlginç geldi, galantamin denince aklıma hep Galanthus türleri geliyordu :)

Çağlar çocukluğunda Adana yakınlarında doğal nergis tarlaları içinde koştuğunu anlatıyor, belki ben de bir gün o tarlaları yok olmadan görebilirim kim bilir...